大寧寺本堂は特殊な唐様の土間式となっており、本尊を安置している土間中央の内陣は四本柱で囲まれているという珍しい形式を採っています。屋根は日本の代表的な屋根の形である入母屋造で、屋根、土間式本堂とも黄檗宗独特のものです。県下では同宗派寺院の中でも最も早い時期の建築とみられます。四天柱上部には墨書があり、天和2（1682）年4月16日に棟上したことがわかります。