1865（慶応元）年、千葉県茂原町に生まれる。東洋史学家で津田左右吉の恩師。文科大学史学科卒業後、学習院の歴史地理課長となる。東京大学や文科大学の教授、東洋文庫の理事長を務める。白鳥は満鉄総裁・後藤新平に働きかけて、南満州鉄道株式会社東京支社内に中国東北部と朝鮮半島の研究を行う研究機関として満鮮地理調査部を設立させた。津田左右吉は1908（明治41）年にこの研究員となる。白鳥は津田の『神代史の新しい研究』（大正2年刊）に序文を寄せている。1942（昭和17）年に病没。白鳥の没後、津田は「白鳥博士記念論文集」『東洋学報』第29巻第3・4号（昭和19年刊）に「白鳥博士小傳」を書いている。